在中海中，水中木会随机生成。靠近岸边的区域颜色较浅，称为浅海。再往里是中海，进一步则是深海。移植水中木并不复杂，关键在于找到它们。首先，我们可以出海寻找漂流瓶，阅读后不要丢弃，前往瓶子指示的地点奶奶岛。在岛上，可以捡到一些海带，将六个海带晒在酿肉架上，以提高奶奶的好感度。之后，可以与奶奶交易，用一个瓶子换取绞盘的蓝图。如果运气不错，前往奶奶岛的途中可能会遇到水中木群系。
如果没有找到，就需要准备一艘船，配备一到两个帆、方向舵和船锚。最重要的是带上足够的木板和船补丁，抵达中海后可以一路撞击水中木，若船体受损则用补丁修复，若耐久度耗尽则用木板修理。第一次探索地形时，可以使用大视野的mod，找到水中木群系后，地图上会显示三棵巨树。用船撞击树木会掉落种子，水面上会有提示，地图也会标记种子的位置。
利用之前获得的绞盘可以将种子打捞上来。由于有三棵树，每次来都能获得三颗种子。同时，记得摘取一些无花果，因为无花果是水中木成长所需的肥料树果酱的原料。然而，摘取无花果和撞树等行为会引出水中木上的蜘蛛。为了防止被蜘蛛攻击，需要制作一些防蜘蛛的陷阱，直接攻击可能会被群殴。搬运种子类似于搬运雕像，如果你不是大力士，搬运速度会较慢。即使是牛，未完全驯服的情况下也能搬运种子，但要注意，搬运种子会占用手部和身体部位。因此，夜间需要佩戴矿灯帽以提供照明。
