秘密森林是位于煤矿森林西北方向的隐藏区域，一开始通过秘密森林的入口有着一个大圆木阻挡，至少将斧头升级到钢品质，才能将其劈开。利用椅子bug也可以提前进入秘密森林，从而更早的获取其中的资源。秘密森林属于一个室外区域，上方有着一共四个大树桩，右下角通过隐藏通道可以进入一片小区域，在这里也有着两个大树桩。移除大树桩只需要铜品质的斧子即可，因此在较早的阶段就能来到此处砍伐。
和大多数的大树桩不同，在这里的树桩是每天都会刷新，因此这也是大量囤积硬木资源的好地方。每颗大树桩被移除后能得到两个硬木，和较多的采集经验。如果选择了伐木者职业，硬木的数量还会进一步提升。秘密森林里还有着史莱姆敌怪，根据当前季节不同，史莱姆的颜色也会发生一定变化，例如在冬季史莱姆大多就为蓝色。击杀史莱姆和移除大树桩，都是有概率得到桃花心木树种子，将其种下得到成熟的桃花心木树，也是较好的硬木来源。
左上角有着一个石头雕像，与之对话是能得到一些隐藏提示，交付出一个宝石甜莓就能得到一个星之果实，从而增加角色的体力值上限。秘密森林处也是会生成一些采集物，大部分采集物都是和山谷中的不同。春季有着羊肚菌和普通蘑菇，夏季会产出蕨菜和红蘑菇。
