口袋妖怪火红船长室位于枯叶市港口圣安奴号游轮二层最上方独立房间，需持有圣安奴号船票登船，走完船舱多层路线并击败劲敌后才可进入。
想要抵达船长室，第一步要完成前置道具获取流程，未拿到船票无法登上游轮，船票需要前往华蓝市南侧的25号道路，沿路清理沿途训练师后抵达正辉的小屋，协助被精灵变换形态的正辉恢复人身，作为答谢对方会交付圣安奴号船票，拿到道具后原路折返，穿过地下通道抵达枯叶市，走到城镇南侧港口码头，出示船票完成检票就能进入游轮内部。登船后先停留在一层大厅，大厅左侧第二个房间存在女性NPC，与其对话可以免费恢复全队精灵血量与异常状态，后续对战劲敌前建议先在此处补满状态，一层西侧通道连通厨房区域，厨房角落可拾取超级球，垃圾桶内藏有树果道具，右下角楼梯通往底层水手休息室，休息室多个隔间分布水手训练师，对战后能获得伤药、技能机器等物资，全部搜刮完毕后回到一层大厅左侧主楼梯向上前往二层。
进入二层后先沿走廊向右直行，途中会经过多个乘客客房，客房内分布绅士、垂钓者等训练师，全部对战能积累大量经验值，走廊下方楼梯通往露天甲板，甲板仅有少量水手，无关键剧情道具，无需过多停留，持续沿二层右侧通道走到走廊尽头，会触发固定剧情对战，对手是主线劲敌，其精灵等级集中在18至24级，队伍搭配包含飞行、水系等属性，提前准备电系、草系精灵能大幅降低对战难度，只有成功战胜劲敌，尽头向上的楼梯通道才会解锁，沿该楼梯走到顶端，推门进入的独立房间就是目标船长室。房间内船长因长时间晕船俯身不适，上前触发对话选择为船长按摩背部，完成互动后船长会赠送秘传机器HM01居合斩，该技能是解锁枯叶市道馆的必备工具，道馆入口的小型树木只能依靠居合斩清除。
前往船长室存在关键避坑细节，游轮一旦离开港口就无法再次返回，进入船长室领取居合斩后，只要踏出游轮大门，圣安奴号就会直接起航永久驶离枯叶港，登船后一定要先搜完全层所有客房、底层休息室与甲板的道具，再推进主线去找船长，避免遗漏隐藏技能机器、恢复道具、金币奖励等稀缺物资。二层客房内藏有TM44睡觉、TM31碎岩等实用招式机器，底层隔间能拾取高级伤药与PP补剂，甲板水手对战可稳定刷取金币，这些物资对前期队伍养成帮助极大，若是未清理全部区域就直奔船长室，后续缺少道具补给会提升道馆对战难度。另外对战劲敌时队伍血量过低容易战败，战败后会直接传送至枯叶市宝可梦中心，需要重新登船走完整二层路线，重复消耗大量跑图时间，因此登船第一时间优先前往一层恢复房间，保证队伍满状态再推进二层剧情。
拿到居合斩离开游轮后，回到枯叶市西侧道馆门口，对门口挡路小树使用居合斩即可进入电系道馆，道馆内部需要在垃圾桶中寻找相邻的两个开关解锁电门，击败馆主马志士获取橙色徽章，解锁地图内更多居合斩可破坏的树木通道，拓展后续探索区域，船长室这条主线支线串联起前期核心秘传技能，是推进完整关都剧情无法跳过的关键节点，熟记船舱分层路线、道具点位与对战顺序，能大幅缩短跑图耗时，一次性完成游轮全部收集与剧情任务。
