隐秘之城通道推进主线剧情和探索区域的关键路，完成库斯柯区域的主线任务后，穿越丛林并解开水坝谜题，调整水位通过隐藏入口进隐秘城。关键点位在水坝后方，有条被瀑布遮挡洞穴，需调整水轮机关降低水位才能进。进入隐秘之城后，主线通道在祭坛石室附近，从石室左侧洞穴离开，跳到水潭后上岸，沿右侧峡谷爬到洞穴，即可进入通道，此处通过蜘蛛洞穴和电鳗水域，利用冲刺跳跃和绳索通过岩壁。
区域里有相关支线任务，比如小王子继承王位任务，在营地与乌鲁拉图手下对话接取任务后，通过水池边的尖木桩洞穴进入，另个入口在秃鹰上方碑文右上方，借助滑索或者攀爬抵达。完成支线古墓后，从水中游上岸，右侧有攀爬的树，沿树顶路线到山顶，利用滑索进隐藏通道。核心解谜包括月神机关和镜面，谜题在通道里，找到钥匙并插入月神机关，通过旋转建筑到正确位置开启通道。镜面反射谜题要调整四周机关，中间三个镜子正确设置先是接受光照，接着点两次不接受，即可出现出口。
通道内有多处绳索箭矢连接高处的四方架，隐藏攀爬点大部分出现在右手边。比如在电鳗区域，沿岩壁冲刺跳跃并挂绳，通过蜘蛛洞后进峡谷。找寻前准备好足够资源，携带足够的弹药和草药，应对通道里的爬行怪和陷阱。有些机关要破坏木板或拉动绳索，转动绳轮机关记得固定对面装置。
