在中海航行时玩家要面对的危险也是比较多的，刚踏入中海玩家就会遭遇大量的礁石，在手动划船的时候，就需要多加注意，避免撞上礁石，让船只破损。中海虽然有着更大、更丰富的鱼类，但也要小心在钓到鲈鱼的时候，会引来邪天翁的攻击。除此之外鲨鱼也是中海区域较大的危险，当玩家遇到鲨鱼的时候，他们会以较快的速度游向船只，接着直接跳到平台攻击玩家。
在还未被追上的时候，努力划船控制好船桨使用节奏逃离则是最好的解决办法。如果鲨鱼已经来到了船上，存在传送法杖的时候，直接把它送走也是较优的解决方案。海洋中最危险的区域就是深海，深海的礁石比起中海就更多、更密集，礁石的生成是有着两种模式，一个是成单个伫立的礁石，周边有着足够可以绕靠的地方，即使玩家不想转向，直接撞过去也不会造成严重损失，补丁修一下即可。
另一种密集的礁石群落，留给玩家的操作空间就是非常小的，即使常年航行的老水手，也会被这些连续不断的礁石败下阵来，此时只能饶一大圈让行。深海中值得玩家探索的就是主线必去的隐士岛，也就是水中信所指引的岛屿，在这上面有着老奶奶支线，从而习得移植水中木的必备配方。其次就是最为诱人的宝藏——猴岛，猴岛中有着能移植的香蕉和芦苇，对于游戏进程来说绝对是不可或缺的。
